تبار شناسی اندیشه ها و رجال شناسی در هر دوره تاریخی امری به هم پیوسته است. افراد شاخص، هم محصول افکار سنتی و نوی روزگار خود هستند و هم خود در جهت دهی به آنها موثرند. راه شناخت هر کدام از اینها، از شناخت دیگری عبور می کند. این افراد شاخص طبعا یک پایه و بیس فکری دارند که مربوط به آموزش ها و آموخته های آنها به عنوان یک دانش آموز یا دانش پژوه است. این وضعیت تا روزگاری که به بلوغ فکری و به تدریج رابطه یک طرفه به نوعی تعامل مربوط می شود  ادامه دارد. پس از آن، از میان آنها، افراد قابلی که زایش فکری دارند و نوعی ویژگی رهبری در آنها هست، به تأثیر گذاری می پردازند. افراد بسته به توان و تخصص خود، در دنیای تعاملی خود و در شاخه ای که فعال هستند، به ایفای نقش می پردازند. در این میان، مهم بستری است که در آن زندگی می کنند.

رجال هیچ وقت، از اندیشه های رایج و بستر زیستی خود جدا نیستند، بلکه همیشه در چنبره آن افکارند. آنها در مسیر زندگی فکری خود در چارچوب همان مفاهیم و اصطلاحات و استدلالها و جهت گیریها هستند. ولی این مهم است که آنان با این چارچوبها چه می کنند، چه برداشتی و فهمی از آنها دارند، چه تغییری در آنها می دهند، خودشان چه زایش های فکری جدیدی دارند، چه قدر شاگرد و موسسه دارند، و چه آموزه هایی را اصلی یا فرعی می دانند و روی آنها تمرکز می کنند و به ترویج و اشاعه آنها می پردازند. نهایتا در این پارادایم، چه نقشی و چه جایگاهی دارند؟

برخی از رجال شاخص فکری، بروز نیستند، بلکه آنها تعلق به مقاطع تاریخی گذشته دارند. افکار و ارزشهای برآمده از آنها از عصر گذشته را باور دارند و در ترویج آنها می کوشند. این افراد، تأثیر روز یا ندارند یا در میان اقلیتی دارند که آنها هم مانند وی، هنوز تعلق خاطر به دوره های تاریخی گذشته دارند. به عبارت دیگر، رجال فکری را می توان به فعال و غیر فعال تقسیم کرد. ضمن این که برخی دانشمندند، برخی علاوه بر آن اندیشمند. دسته دوم، کسانی هستند که افکارشان را به صورت دانشی معطوف به تغییر در جامعه تبدیل می کنند. افکارشان بستری پهن می کند. یارگیری می کنند، نقد و استدلال می کنند و به صورت فعال می کوشند در اندیشه جاری موثر باشند. اما کسانی هستند که غیر فعالند. دانش دارند، اما ارتباطی میان دانش آنان و محیط وجود ندارد. سنت گرا ساکن هستند. سنت گرایی نوعی گریز از وضع موجود یا حل مسائل امروز با مطالب دیروز است. آنها یا اصلا تمایل ندارند در سیر تحولات حاضر شوند، یا این که می خواهند و علاقه مندند جامعه را به گذشته خود ببرند.

فعال بودن افراد شاخص، به رابطه تنگاتنگ آنان با جریان فکری موجود در جامعه ای که به آن تعلق دارند معنا پیدا می کند. شما فیلسوفی مانند علامه طباطبایی باشید، در جامعه ای که تعلق خاطر به فلسفه دارد، و مشکلاتی دارد که شما با ابزار فلسفه به آنها می پردازد، نگاهی فعال در حل معضلات دارید، دارای اندیشه ای قوی هستید، راه حل های تازه ای می دهید که خارج از عرف این جامعه نیست، رقیبی هم ندارید که راه حل های مهم تر و مقبول تر بدهد، شما یک آدم فعال هستید که تأثیر می گذارید، رهبری فکری دارید. ضمن این که خودتان برکشیده این اندیشه ها و مبتنی بر یک بیس فلسفی به عنوان فلسفه اسلامی هستید، گامی برای رفتن به جلو به شمار می آید. افکار شما را تک تک می توان تبارشناسی کرد، ریشه اش را در گذشته، حال و آینده دید.

اگر بخواهیم در باره سید جعفر مرتضی از این زاویه سخن بگوییم، باید ایشان را فردی فعال بدانیم. این بار سید جعفر، ابزار تاریخ را دارد و با این ابزار می خواهد در جامعه و جریان فکری جامعه خود تأثیر گذار باشد. او باید زایش فکری در حیطه اندیشه های تاریخی ـ دینی رایج و مقبول داشته باشد و پاسخ برخی دشواری ها، حل برخی از معضلات اجتماعی و سیاسی را با تاریخ داشته باشد، تا بتواند تأثیر گذار و فعال باشد. این تأثیر شامل حل یک مسأله سیاسی مهم، یک معضل اجتماعی، و یا حتی، رفع و رجوع ابهامات مردم در شناخت های رایج، برای فعال شدن و وادار کردن آنها به عمل هم می تواند باشد. سید جعفر مرتضی هم مانند بسیاری از رجال متفکر شیعه معاصر، عنصری فعال و موثر است و این به نخبگی و نبوغ او مربوط می شود.

آقای سید جعفر مرتضی، محصول یک ساختار فکری در درون جامعه شیعه است که در طول هزار و چهارصد سال شکل گرفته است. اما این ساختار، بخش های مختلف، استحکامات متفاوت دارد. کسانی مانند خود او در شکل دهی به آن نقش داشته اند و هر بار به اصلاح آن، توسعه و تعمیق پرداخته و با خلاقیت های تازه آن را بارور کرده اند. برای نمونه، شیعیان بطور مداوم با مشکلات فکری روبرو هستند و دوست دارند مسائل خود را با «رجال فکر» خود مطرح کرده و از آنها «پاسخ های مناسب» بدست آورند. قریب به اتفاق عالمانی که در قم هستند، متکلمانی هستند که وظیفه آنها دفاع از دین، حل معضل تماس دین با جامعه، پاسخگویی به اشکالات موجود در این باره و ارائه راه کار برای دشواری های احتمالی بعدی است. این دقیقا از تمام حوزه یک نهاد کلامی ساخته که کارش «دفاع» از «آراء» موجود با تغییراتی است که این ساختار اجازه آن را به ما می دهد. در اینجا، کسی جز به صورت حاشیه ای، دنبال چیزی به نام شناختن حقیقت که در فلسفه قدیم یک ارزش محسوب می شود، نیست. هرچند به صورت حاشیه ای، حقایقی روشن می شود.

آقای مرتضی، در این زمینه، یعنی پاسخ گویی به مشکلات جاری فکری روز، یعنی شماری از آنها که در حیطه دانسته های اوست، دارای نقش فعال است و می توان گفت، انبوهی از نوشته ها را بدست داده و در هر کدام سعی کرده، به روز، به مسائل و مشکلات پاسخ داده و راه حل بیابد. هر کتاب او، مانند مطهری و طباطبائی و دیگران، پاسخ یک مسأله یک نیاز، حل یک دشواری، راه حلی برای یک مشکل پیچیده یا ساده، و یا توصیه برفتن به راهی تازه برای رسیدن به هدف، می باشد. این کار البته در دل «تاریخ» انجام شده است. شما نیاز سیاسی روز را با بیان تاریخ زندگی امام رضا، پیامبر، یا دیگر امامان بدست می دهید.

درک رابطه تاریخ نویسی او با آن تأثیر فعال در عرصه فکر در جامعه کاری است که ما باید انجام دهیم. تاریخ ابرازی برای توجیه فکری جامعه ای است که با آن مواجه بوده و مخاطب اوست. همین طور سیاست، یکی از موضوعاتی است که ایشان در آن به ایفای نقش فعال پرداخته است. در این باره می توان پرسید: آقای مرتضی چرا پیش از انقلاب «زندگی سیاسی امام رضا» را نوشت. اساسا طرح مسأله «زندگی سیاسی» برای چه بوده است؟ یک نگاه حکومتی قوی، یک نگاه سیاسی استوار که در شیعه هست، نوعی تشیع سیاسی که می توانسته است او را به این سمت هم کشانده باشد. کتاب زندگی سیاسی امام رضا، پاسخ به یک نیاز دینی، سیاسی، تاریخی به جامعه شیعه معاصر خویش است.  مسلما بخشی از مباحثی که آقای سید جعفر درگیر آن شد، از این دست هستند. او  در سیاست روز درگیر بوده و در تمام ادوار زندگی، بسته به گرایش های مقطعی، این که کجا زندگی می کرده و چه پرسشهایی از او شده، مباحثی را در حوزه سیاست و دین دارد. البته بسیاری از افراد دیگر هم، یعنی از رجال فکر معاصر، در بسیاری از این مسائل درگیر بوده اند. برای مثال، ایشان هم، مانند دهها نفر دیگر، وارد بحث ولایت فقیه شد و رساله ای در باره مقبوله عمر بن حنظله نوشت.

فهرستی از موضوعاتی که آقای مرتضی درگیر آن شد را می توان در نوشته های اولیه ای که تحت عنوان دراسات و بحوث فی التاریخ و الاسلام از ایشان منتشر شد دریافت. هر کدام آنها یک حساسیت، یک سوال، یک خاطره، و یک «درگیر شدن» در پشت سر آن قرار دارد. البته این طور نیست که همه مسائل، جدید باشد، پرسشهایی هم وجود دارد که هزار ساله است و عالمان شیعه، در طول تاریخ، هر بار، کم همت بسته، به پاسخ گویی رفته اند و هنوز هم کسانی نسبت به آنها دلمشغولی دارند و این بسته به این است که مخالفان هم در  نقدهایی که بر شیعه دارند، آنها را مطرح کنند. اما در میان مباحث جدید،  یکی از این موضوعات، بحث از «ابوذر، اشتراکی، ام شیوعی، ام مسلم» بود. آنچه این بحث را به عنوان دفاع از یک صحابی شیعی و در عین حال و همزمان، دفاع از نگاه اقتصادی اسلام، و همچنین نشان دادن انحراف در جریان چپ اسلامی به هم متصل می کرد، استفاده از «تاریخ» برای پاسخگویی بود. سید جعفر اینجا در حکم یک متکلمی بود که از تاریخ، برای دفاع استفاده می کرد. آنچه پشت سر این ماجرا بود، صرف نظر از علائق ایشان برای روشن کردن برخی از «اکاذیب در تاریخ» (عنوان فصلی که چند مقاله در آن در کتاب دراسات آمده) این بود تا جریان چپ دنیای اسلام که سرچشمه از مصر گرفته بود و بر آن بود که اسلام، نگاه سوسیالیستی یا حتی کمونیستی دارد، جواب بدهد. داستان جودة السحار، و نوشتن کتاب در باره ابوذر سوسیالیست «الاشتراکی العظیم» و ترجمه ای که از آن کتاب در ایران دهه سی و بعد از آن شد، دامنه این بحث را در بحبوحه انقلاب که باز این مباحث مهم شده بود، به ایشان و نگارش این کتاب کشاند تا روشن کند دیدگاه های اقتصادی ابوذر، ربطی به سوسیالیسنم ندارد.

مواردی از این نمونه ها، می تواند ناشی از توجه های ویژه ای باشد که به دلایلی و البته باز هم در چارچوب تعاملات موجود فکری، پیش می آید و گاه سبب برآمدن بحث های تازه ای می شود. نمونه جالبی داریم که مربوط به نوشته کوتاهی از سید جعفر در این موضوع است که «مسجد الاقصی این؟». اساس نظر ایشان که در کتاب الصحیح هم آورده، این بود که مسجد الاقصی جایی در آسمان است و ربطی به مسجدی که الان در فلسطین است و البته به اعتبار مسجد بودن، مقدس است، ندارد. اسراء هم از مسجد الحرام به آن جا، یعنی آسمان بوده است. این که پشت سر این نظر چه نکته تاریخی و چه امر «دفاعی» بوده نیاز به تأمل دارد. و اما این نظر، سبب برآشفته شدن مخالفان سنی شده و کتابی با عنوان «الشیعه و المسجد الاقصی» نوشته شد. نویسنده ضمن رد نظر آقای مرتضی، آن را در چارچوب مجادلات شیعه و سنی در دوره معاصر بر سر مسجد الاقصی و مسأله فلسطین طرح کرده بود و از این که کتاب الصحیح د رایران جایزه سال هم گرفته، آن هم توسط رئیس جمهور وقت احمدی نژاد، آن را در مناسبات شیعه و سنی و نیز درگیرهای ایران و جهان عرب در باره فلسطین، ارزیابی  کرده است. چندین مقاله دیگر هم در این باره نوشته شده است. البته نویسنده نشان می دهد که این مسأله، یعنی این که مسجد الاقصی در آسمان است، در روایات شیعه آمده اما در ادامه، به فهرستی از اماکنی که شیعیان آنها را برتر از مسجد الاقصی یا حتی مسجد الحرام می دانند، مثل بقیع یا کربلا یا مشهد هم پرداخته است.

و اما نمونه هایی از سیاست را به معنای عام آن، یعنی توجه به مناسبات اجتماعی در بسیاری از نوشته های سید جعفر مرتضی می توان یافت. آقای مرتضی، در آغازین سالهایی که توان پژوهش و نگارش داشت، وارد مسیر انقلاب شد. لبنان، از قدیم، درگیر بحث سیاست بوده و می توان گفت مانند بسیاری از نقاط جهان اسلام، درگیر مسائل روز بوده است. وابستگی ایشان به لبنان و زمینه های فکری آن، جایی که احزابی مانند سید موسی صدر و امل در آن پدید آمدند و پیشینه ای مانند سید شرف الدین دارد، در سیاسی کردن او و توجه به تشیع به اعتبار سیاسی، موثر بوده است. وقتی در ایران آمد، اسلام سیاسی در قم نیرومند بود و گو این که خیلی درگیر آن نشد، اما با آمدن انقلاب، ارتباط نزدیک تر شد. وی تا آنجا که توان داشت، کوشید تا در آن مشارکت داشته باشد. «نظام سازی» اسلامی از وجهه نظر شیعی، بحثی بود که خیلی به آن علاقه داشت و کوشید تا در این زمینه، پژوهشهای ویژه خود را داشته باشد. استخراج موادی برای تولید نوعی نظام اسلامی از منابع تاریخی و روایی، کاری بود که ایشان وجهه همت خود قرار داد. شاید این را به معنای معمول نتوان کار کلامی نامید، اما در کل، اگر کلام، وجهه همتش توجیه دین برای ارائه دیدگاههایی در جهت ایجاد رابطه میان دین و جامعه و حل دشوارها و ایرادات تعریف شود که البته تعریف موسعی است، اینها را هم می توان از این دست دانست. کتاب الامن و الاستخبارات که با عنوان «دایره المعارف اطلاعات و امنیت و متون اسلامی» در ایران هم منتشر شده (دانشگاه امام حسین) از همان دست کارها بود. از اینجا، تا تألیف کتاب «الاداب الطبیه فی الاسلام» که آن هم بر اساس نوعی نظام سازی اسلامی بود، افکاری است که ایشان در این زمینه داشت.

نمونه های دیگری از مباحثات فکری که ایشان درگیر آن شد، بحث تحریف قرآن بود. این بحث به عنوان امری مجادله ای میان شیعه و سنی، دست کم به یک قرن پیش باز می گردد. زمانی که بحث تحریف تورات و انجیل مطرح شد، گاه گفته می شد که برخی از مسلمانان هم باور به تحریف دارند و اشاره به شیعه می شد. به تدریج، با بالا گرفتن مجادلات وهابی ـ شیعی، بحث تحریف جدی تر شد، مخصوصا که کتاب فصل الخطاب هم نوشته و در ایران منتشر شد. با شروع جریان انقلاب، و وجه شیعی آن، این مسأله بالا گرفت و نهادهای تبلیغاتی در ایران باید به آن پاسخ می دادند. این مسأله منجر به درخواست ایشان از من برای نگارش کتاب اکذوبة تحریف القرآن شد. سپس خود، کتاب حقائق [هامه] حول القرآن الکریم را نوشتند. از آن زمان تا امروز، دهها اثر دیگر هم در این زمینه انتشار یافته است.